1. Ifølge tykkelsen af kolonnen kan den opdeles i to typer: generel pakket kolonne og kapillær kolonne.
Pakket kromatografisk søjle: Normalt bruges rustfri stålrør med en indre diameter på 4-6 mm til at danne spiralsøjler med en almindeligt anvendt søjlelængde på 2-4 meter. Fyld flydende stationær fase (gasvæskekromatografi) eller fast stationær fase (gasfaststofkromatografi).
Kapillærkromatografisøjle: Søjlerøret er et kapillarrør, almindeligvis brugt som et glas- eller elastisk kvarts-kapillærrør med en indre diameter på 0.1-0,5 mm, og søjlelængden varierer fra snesevis af meter til hundredvis af meter.
Kapillærkromatografisøjler kan opdeles i åbne kapillærsøjler og fyldte kapillærsøjler i henhold til deres påfyldningsmetoder.
2. Ifølge separationsmekanismen kan den opdeles i fordelingskolonner og adsorptionskolonner, hvor hovedforskellen er i den faste fase.
Fordelingssøjle: generelt er den stationære væske (væske med højt kogepunkt) coatet på bæreren for at danne en flydende stationær fase, og adskillelsen realiseres ved forskellen mellem komponenternes fordelingskoefficient. De funktionelle grupper af den stationære opløsning kombineres på overfladen af bæreren gennem kemisk binding, som kaldes kemisk bindingsfase. Det har den fordel, at det ikke går tabt.
Adsorptionssøjle: Sammensat ved at fylde adsorbenten i en kromatografisk søjle opnås adskillelse ved at udnytte forskellene i komponenternes adsorptionskoefficienter. Ud over adsorbenter omfatter faste stationære faser også molekylsigter og polymerporøse mikrosfærer.